Si mon souvenir est bon, sous Debian et dérivées il suffit de créer un fichier /etc/vim/vimrc.local pour la config perso, ce qui évite qu'elle se fasse écrabouiller par une mise à jour.

Sur ma KDE neon (dérivée d'Ubuntu) ça ressemble à ça.

https://github.com/kikinovak/kde-neon/blob/master/config/vim/vimrc.local

Effectivement, comme le dit kikinovak, on peut créer un /etc/vim/vimrc.local pour avoir une configuration spécifique globale, ou comme dit dans les commentaires de l'article, on peut aussi mettre ce qu'on veut dans le ~/.vimrc pour avoir une configuration spécifique à un utilisateur. Dans tous les cas, dès qu'il est possible de ne pas toucher les fichiers gérés par les paquets, je ne les modifie pas. Ça permet d'éviter des conflits lors de mises à jour, ou simplement de regrouper ses modifications spécifiques pour les retrouver plus facilement. En cas de problème après une mise à jour, c'est plus facile de désactiver tout ce qu'on a changé d'un coup pour voir si le problème vient de nos modifications : il suffit de renommer le fichier spécifique.

Pour détailler ce qui se passe : Avant Debian 9, le support de la souris n'était pas activé par défaut, donc la sélection faite à la souris était faite par l'émulateur de terminal. Maintenant, le support de la souris est activé dans vim, et donc c'est vim qui capture les événements de la souris : La sélection est maintenant faite par le visual mode de vim.

La solution de désactiver le support de la souris dans vim est simple, mais pas idéale. On peut aussi sélectionner avec shift+clic, pour forcer l'émulateur de terminal à gérer la sélection, sans désactiver le support de la souris de vim. Dans ces deux cas, la sélection prendra en compte les numéros de lignes, marques de folding, etc. si c'est activé, ce qui est loin d'être idéal. Une autre solution est d'utiliser le support du clipboard de X dans vim, avec "y une fois le texte sélectionné (en visual mode, évidemment, c'est vim qui doit gérer la sélection dans ce cas).